Im sogenannten „Salzkrieg“ unterlagen die Einwohner vonPerugia 540 Papst Paul III. Sie hatten sich geweigert, eine neue Salzsteuer zu akzeptieren. Eine Festungsanlage wurde erbautund mehr als drei Jahrhunderte lang blieb Perugia dem Kirchenstaat unterworfen.
Zweimal wurde die Herrschaft der Kirche unterbrochen. 1798/99 nach dem Einmarsch französischer Truppen und 1809–1814.
Vor einigen Jahren wurden diejenigen Stadtteile, die nach dem Sieg des Papstes verschüttet worden waren, wieder freigelegt und sind heute für die Touristen wieder einsehbar.